Die Flora zwischen dem Lago Maggiore und dem Comer See ist zum einen durch das milde Klima gekennzeichnet. Der Alpenbogen im Norden und die Berge des Gebiets schützen es vor den kalten Winden aus dem Norden. Andererseits gehört das Gebiet zu den feuchtesten der Schweiz und Italiens. Nordöstlich des Lago Maggiore erreicht die jährliche Niederschlagsmenge 3000 mm, in Vararo bei Cittiglio 2000 mm. Die mikroklimatischen Unterschiede zwischen den steilen Südhängen in der Nähe der Seen und den benachbarten Hochgebirgsregionen sind bemerkenswert. Geologisch ist das Gebiet vielfältig, Gneiss ist weitverbreitet, aber auch Kalk, Dolomit sowie nördlich von Varese magmatisches Gestein. Die Kombination dieser Faktoren führt zu einer sehr vielfältigen Flora, die von fast mediterranen bis zu alpinen Lebensräumen reicht. Die Vegetation ist üppig wie nur in wenigen Orten in Europa und es gibt viele Feuchtgebiete. Das Buch „Flora zwischen Lago Maggiore und Comer See“ von Michael Kleih, erschienen im Nomos-Verlag, enthält eine detaillierte Beschreibung des Gebiets und aller vorkommenden Arten.